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課程架構
A類：基礎課程
| 課號 | 課名 | 教師 | 學分數 | 授課學期 | 備註 | |
| 水文與海洋循環 | HS6027 | 陸地水文過程 | 李明旭、潘任飛 | 3 | 上 | 兩門課至少擇一選修 |
| HS6028 | 大氣海洋過程 | 黃如瑤 | 3 | 上 | ||
| 水文與海洋環境 | HS6033 | 流體動力學 | 吳祚任 | 3 | 上 | 兩門課至少擇一選修 |
| HS6086 | 近岸水文學 | 錢 樺、黃志誠 | 3 | 下 | ||
| 水文與海洋資訊 | HS6017 | 應用數學方法 | 黃如瑤 | 3 | 上 | 三門課至少擇一選修 |
| HS6048 | 應用數值方法 | 李明旭 | 3 | 下 | ||
| HS6074 | 資料分析 | 錢 樺 | 3 | 下 |
B類：專業課程
| 課號 | 課名 | 教師 | 學分數 | 授課學期 | 備註 |
| HS5011 | GIS空間分析與模型建立 | 吳祚任 | 3 | 上 | |
| HS6007 | 微小震幅波理論 | 劉立方 | 2 | 上 | |
| HS6012 | 計算地表水文特論 | 李明旭 | 3 | 下 | |
| HS6019 | 高等流體力學 | 黃志誠 | 3 | 上 | |
| HS6029 | 大氣、海洋及氣候之期刊閱讀(Ⅰ) | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6043 | 逕流模擬 | 李明旭 | 3 | 上 | |
| HS6044 | 地下水數值模擬 | 李明旭 | 3 | 下 | |
| HS6047 | 水文模擬特論 | 李明旭 | 3 | 上 | |
| HS6050 | 海洋與大氣模式導論Ⅱ | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6053 | 海氣交互作用 | 潘任飛 | 3 | 上 | |
| HS6060 | 應用數學方法Ⅱ | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6063 | 海洋學概論 | 許樹坤、錢 樺 | 3 | 上 | |
| HS6065 | 海洋大氣模式及分析特論 | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6067 | 海洋與大氣動力 | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6069 | 海洋與大氣模式導論 | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6070 | 海洋動力學導論 | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6076 | 近岸海洋模擬特論 | 錢 樺 | 3 | 下 | |
| HS6077 | 海岸環境特論 | 錢 樺 | 3 | 上 | |
| HS6078 | 物理水文探測實習 | 錢 樺 | 1 | 下 | |
| HS6079 | 海洋動力學導論Ⅱ | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6082 | 海岸底部邊界層及沉積物輸送 | 黃志誠 | 3 | 下 | |
| HS6084 | 海洋波浪理論及分析 | 黃志誠 | 3 | 下 | |
| HS6087 | 環境紊流特論 | 黃志誠 | 3 | 上 | |
| HS6088 | 近岸海洋學導論 | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6089 | 大氣/海洋模式建立 | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6091 | 科學計算 | 吳祚任 | 3 | 上 | |
| HS6092 | 計算流體力學 | 吳祚任 | 3 | 下 | |
| HS6093 | 海洋波浪動力學 | 吳祚任 | 3 | 上 | |
| HS6096 | 大氣、海洋及氣候之期刊閱讀(Ⅱ) | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6097 | 海洋與大氣循環之數值分析 | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6098 | 高等海洋與大氣循環分析 | 黃如瑤 | 3 | 下 | |
| HS6099 | 海洋與大氣循環之數值分析Ⅱ | 黃如瑤 | 3 | 上 | |
| HS6112 | 海嘯與波浪動力學概論 | 吳祚任 | 3 | 下 | |
| HS6114 | 區域海洋學 | 毛正氣 | 3 | 下 | |
| HS6116 | 海洋氣象 | 毛正氣 | 3 | 下 | |
| HS6130 | 海洋衛星資料處理與分析 | 潘任飛 | 3 | 下 | |
| HS6150 | 環境系統分析 | 陳沛芫 | 3 | 下 | |
| HS6151 | 水文分析 | 陳沛芫 | 3 | 上 | |
| HS6160 | 港灣工程 | 錢 樺、吳祚任 | 3 | 下 | |
| HS6161 | 海岸工程 | 黃志誠 | 3 | 上 |
